自分の PC などで印刷して、当日はそこにプリントされている QRコード をかざして搭乗・入場手続きをするわけですが、こうした PDFファイルに記載された QRコード が印刷できないことがあるようです。
PDFファイルといえば、Adobe Readerをご利用の方が多いかと思いますが、現在配布されている Adobe Acrobat Reader DC で印刷が出来ないケースがあります。
【Adobe Acrobat Reader DCの設定と対処法】
Adobe Acrobat Reader DC で印刷プレビューをすると、きちんと表示されるのに、いざ印刷してみると、その部分がぽかっと抜けてしまうようです。
プレビューでは大丈夫なら、プリンターが原因なのか?と思われがちですが、この原因どうもやはりAdobe Reader 側の設定に問題があるようです。

上記は印刷の画面になりますが、プリンター名の表示されているそばにある "インク/トナーを節約" のところが有効になっていると(チェックマークがついていると)同様の症状になるようです。
なので、QRコードが印刷されない。。。という場合には、この部分をオフにしてみてください。
念のため、Adobe Reader XI などの古いバージョンの場合には大丈夫な様です。
【2017/03/09更新】
参考までに、Adobe Acrobat Reader DC には、PDFファイルを画像データとして印刷する機能もあるようなのですが、今回のケースではここを有効にしても、QRコード は印刷できませんでした。

こちらの機能は、PDFファイルの印刷の際に表示されたプリンター名のわきにある、"詳細設定(D)" のところをクリックすると上記のようなダイアログボックスが表示されますので、そちらから、有効・無効を設定します。
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