McAfeeのウェブサイトによれば、IEにおいて利用できなくなった機能は以下の通りです。
1) ダウンロードスキャン
2) パスワードの再利用した際の警告表示
3) 安全検索( SecureSearch) のプロンプト
4) 検索結果評価アイコン(アノテーション)
といった機能がIEでは、その仕様により利用できなくなったようです。

サイトアドバイザーのWebページにもありますが、これまでであれば、検索結果などにMcAfeeのアイコンが出て、安全かどうか?表示されていましたが、これがIEでは表示されなくなりました。
IEについては、McAfeeのサポートサイトの "なぜ、これらの機能が削除されたのでしょうか?" のところにもありますが、"これらの機能削減は、Internet Explorerのブラウザ拡張機能の制限が背景にございます。当制限を満た すためにマカフィーウェブアドバイザーはバージョン4.0.4において、一部の機能を削除する必要性がありました" とのことです。
McAfeeを再インストールしたり、ウェブアドバイザーをインストールし直したりすると、最新バージョンがインストールされることになるはずなので、今回の、Ver.4.0.4 以降の仕様に関連した制限が発生することになります。

現在ご利用の、ウェブアドバイザーのバージョンについては、IEのツール>マカフィー ウェブアドバイザー とクリックすると確認できるようですので、気になる方はご確認になってみてください。
またこれ以外にも Ver.4.0.4においては、いくつか既知の問題が確認されているようです。こちらについては今後のバージョンアップで対応していくようです。
<参照>
・マカフィー ウェブアドバイザー
・Internet Explorer用のマカフィーWebAdvisor 4.0.4の機能の変更点について
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