Word 2007 起動時にデスクトップをクリックすると、日本語入力時に別の入力ダイアログが表示され、文書に直接文字入力ができない場合がある
このケースとはちょっと違うようですが、現在、Outlook2016/Word2016において、一部の環境で以下のようなトラブルが発生しているようです。

・C2R 版 Office 2016 の Outlook/Word で文字入力のフォーカスがずれて別枠で文字が表示される
現在調査中とのことですので、以下のサイトにも紹介されていますが、当面は、暫定的な対処法を参考に対処してみてください。
現在のところ、この症状は、2016 年 10 月 4 日にリリースされた Current Channel バージョン 1609 (ビルド7369.2024) 以降のバージョンで発生することが確認されているようです。
現在調査中で、暫定的な対処法しかありませんが、1−4 までの対処法を参考にしてみてください。根本的な解決は、今後の修正を待つ必要がありそうです。
<参照>
・C2R 版 Office 2016 の Outlook/Word で文字入力のフォーカスがずれて別枠で文字が表示される
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