基本的には、Excelでの並び替え機能では、データを入力された文字データのJISの文字コード順に並び替えています。では、このJISの文字コードとはどんな順番か?
記号
数字
ひらがな
カタカナ
JIS第一水準漢字
JIS第二水準漢字.... という優先順位です。
JISの文字コードについては、ASH Multimedia lab.のサイトを参考にしてみていただくとわかると思います。

ですからそのようなケースには、書式>ふりがな>表示/非表示 とクリックして、フリガナを正しいものに訂正します。

まぁ、要するにきちんと入力していれば漢字でもきちんと並び替えができるようになるってことなんですね。
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