1) Windows Live Messanger を起動して、Microsoftアカウントでサインインしてみます。
2) 新しいプログラムがあるので更新するか聞いてきましたので、そのまま更新してみました。
3) その後何かしら更新がされるかと思って進行を見ていると、Skypeがセットアップされ、サインインの画面が表示されました。
ということで、サービスの終了したWindows Live Messenger にサインインすると、Windows Live Messengerが削除され、SkypeのインストールされていないPCの場合にはSkypeがインストールされ、またインストールされているPCについては、Skypeのデスクトップ版が最新バージョンにバージョンアップされるようです。
<参照>
・Windows Essentials / Windows Live Essentialsをインストールする時にはご注意