
上記画像でもご確認いただけるように、75%までは選択が可能ですが、"50%" と "カスタム" のところはグレーアウトして選択ができません。
とりあえず、本症状はWindows7にインストールされた、IE11、Windows8.1にインストールされたIE11、さらにはWindowsRT8.1にインストールされたIE11にて同様の症状を確認いたしました。
ただし、ステータスバーを表示させれば、画面下部の拡大の部分からカスタム設定は可能なようなので当面はこちらから設定するか? マウスのスクロールボタン(Ctrlキー+スクロールボタン)による手動での調整であれば何とかできるようです。
【一時的な回避法】
1) Altキーを押すなどしてメニューバーを表示
2) 表示>ツールバー>ステータスバー とクリックして、ステータスバーを表示させます

3) ステータスバー上に表示された "拡大" のところから、表示倍率を変更します
* こちらから行う分には、カスタムも選択ができます

いずれは改善されるものと思いますが、現状では難しいようです。
今後何かまた情報が入りましたら、追記させていただきます。
【2014/4/28追加】
もう一つ、情報いただきました。IEを起動すると表示される画面右上のツール(歯車のアイコン)から、拡大とたどっても、設定は変更できるようです。

ということで、本症状はメニューバーの表示メニューからたどっていった部分だけ機能しないようですね
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