"辻"という文字がおかしい/パソコンのツボ
通称 JIS2004 という文字コード規格が、WindowsVista以降に導入されたために、こうした表示になるようになりました。WindowsXPであっても、更新プログラムで提供されている、"MS ゴシック & MS 明朝 JIS2004 対応フォント (KB927489)" が導入されていれば同様の表示になります。
ではそれまでの文字規格コードはどんなものだったのか?というと、1990年に導入された "JIS X 0208:1990"(通称:JIS90)というものでした。
さて細かい規格は別として、WindowsVista以降ということは、Windows7でもJIS2004が採用されてますので、"辻" という文字を例にとれば、Windows7でも当然シンニョウに点が二つついたやつが表示されます。
ただし、どうしてもJIS90で使いたいという方向けに、以下のようにJIS90用のフォントも用意はされています。
・Windows Vista、Windows Server 2008、Windows 7 および Windows Server 2008 R2 で旧 JIS90 文字セットを使用する方法
ただし、このフォントの提供もWindows7で最後。なら、発売を控えた今度登場するWindows8ではどうなるのか?
実は今回参照させていただいた、"窓のくすり箱"さんのブログや"しろもじメモランダム"さんのブログによると、IVS(Ideographic Variation Sequence)が変換候補から選択できるようになっているそうです。
で、さっそく実際に試してみました....

1) Microsoft IMEのプロパティを開来ます

2) 詳細設定>変換タブにある詳細設定を開きます

3) "変換文字制限" のところの設定が、デフォルトでは、"IVS(Ideographic Variation Sequence)を含む文字を制限する" になってますので、こちらを "変換文字制限をしない" に変更します
4) 実際にメモ帳で入力してみるとこの通り。変換候補には混在して表示されるようになります

はたしてこれが必要なのか?は別として、Windows7までで提供が終わっているとはいえ、Windows8(RP版)ではこんな感じで表示させることも可能なようです。
<参照>
・どうする? 企業情報システムの「JIS X 0213:2004」対応/ITpro
・日本の文字コード/CyberLibrarian
・Windows 7 および Windows Server 2008 R2 向け JIS90 互換 MS ゴシック・明朝フォントパッケージについて
・マイクロソフト、JIS90互換フォントの提供はWindows 7で最後
・Microsoft Windows 8/ウィキペディア
・Windows 8 Consumer Preview のIMEにおけるIVS対応/しろもじメモランダム
・[Win8]IVSを利用した文字を変換候補に表示させない方法/窓のくすり箱
・漢字1文字が最大8バイト、Unicodeの「IVS」とは?/ITpro