WindowsのUpdateを定期的に行って常に最新の状態でご利用になっている場合には特に問題ないはずですが、そのままの状態でご利用になっているケースでは、ご利用の環境によってはWindows98/2000などは、デフォルトでInternet Explorerのバージョンが5.0であるため、こうしたバグに遭遇します。
http://support.microsoft.com/default.aspx?scid=kb;ja;416320
原因としては、上記サイトにもありますが、もともと「Internet Explorer では、LAN 環境が存在するかどうかを判別するために、System Event Notification Serives を利用します。ただし、ネットワーク上に一切パケットが送信されていないような環境の場合、誤って LAN 環境が存在しないと判断してしまうためです」のようです。
ただし、バージョンを問わず、ファイル>オフライン作業 にチェックを入れて、起動時には、オフラインで表示する設定にしていたら別です。
Windows98SE/Windows2000は、IE5.0が標準搭載になっていますので、このIEのバグによる不具合が発生します。現在は、IEのバージョンで公開されているものが、6.0SP1(現段階での最新版。一応対象OSとしてはWindows98でも対応)しかありませんので、こちらにアップデートするしか直す方法はありません。
IE6.0SP1
参考までに、IEの変遷とリリース時期は以下の通りです。

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