仕様という言い方をするとそれで終わってしまいますが、これは、ATOKに限ったことじゃなくってMS-IMEでも同様のこと。
さてそれを何とか回避出来ないか?
以下のリンクにあるように、参照させていただいた、JustsystemのHPによるとPowerPointは設定でどうこうできるものではないようですが、Wordの場合には設定をすることで、起動時に自動的に日本語入力をOffの状態にしておくことも可能なようです。
Word2007の場合
1)Officeボタン>Wordのオプション>詳細設定と開きます
2)"日本語入力のオン/オフを自動的に切り替える" をオフにします

Word2003の場合
1)ツール>オプション>編集と日本語の入力 と開きます
2)"日本語入力のオン/オフを自動的に切り替える" をオフにします
PowerPointにはこうした変更をできるような設定自体がないため変更は不可能なようです。
<参照>
入力文字種を変更しても、WordやPowerPointでは常にひらがなで入力される
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