単純にWindowsによりアイコンキャッシュが更新されないことに起因するようですが、仮にアイコンキャッシュをリネームしたり、削除したりしても改善されない場合には、以下のサイトにあるようにWindowsの解像度を一度変更してから、元に戻してみて、Windows自身によってアイコンキャッシュを更新させることで改善されることもあるようですので、お試しになってみてください。
以下のサイトではIE7のインストール/アンインストールに伴いとありますが、仮にWindowsVistaのような場合、デフォルトでIE7が入っていますから、IE8にアップデートした後、IE8を削除してIE7に戻しても同様の現象がおきることもあるようです。
＜参照＞
・IconCache.dbについて
・Internet Explorer 7 をインストールまたはアンインストールした後、現在のバージョンの Internet Explorer に関連付けられたアイコンが正しく表示されない
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