Excelのコメント機能の初期値をカスタマイズできないか？

基本的には、Excelそれ自身にはカスタマイズするような機能はないようです。ただし、画面のプロパティのダイアログよりデザインの詳細を変更することで、Excelで挿入されるコメントに表示されるフォントの種類やサイズなどは変更できるようになるようです。

ただし、ここで注意が必要です。この部分の変更は、あくまでもWindows全体に影響が出てくる設定の変更となるので、他の部分に影響がでます。たとえば、以下のサイトによれば、この設定変更でポップアップヒントで表示されるフォントやステータスバーに表示されるフォント仕様が変更されてしまうようです。

＜参照＞
コメントの初期フォントサイズを変更したい／インストーラクターのネタ帳